بعد أن دفن بنو أسد أجساد الشهداء، أقاموا رسماً لقبر سيّد الشهداء بتلك البطحاء. ويدل خبر مجيء التوابين إلى القبر الشريف في ذلك الوقت عام 63 أو 64 أنّه كان له ظاهراً معروفاً. وكان الشيعة يزورونه جهاراً أو خفية بناءً على التأكيدات الصادرة عن الأئمة في ذلك.



و في زمن بني أُميّة كانت على القبر سقيفة واستمر ذلك إلى زمن الرشيد من بني العباس فهدمها وكرب موضع القبر وكان عنده سدرة فقطعها. ثم اُعيد على زمن المأمون وغيره. وفي عام 236هـ. أمر المتوكّل العبّاسي بهدم قبر الحسين بن علي وهدم ما حوله من المنازل والدور وأن يحرث ويبذر ويُسقى موضع قبره، وأن يمنع الناس من إتيانه، ثم أعاد الكرة عام 237، ثم فعل مثل ذلك سنة 247.



البناء الحالي الموجود على القبر يعود إلى القرن الثامن الهجري، وقد أعيد تجديده وعمارته عدّة مرّات. وفي عام 1216 سيّر الوهابيون جيشاً من نجد ونهبوا المرقد الشريف وهدموه وربطوا خيلهم في الصحن الشريف (أعيان الشيعة 629:1.).