في البداية والنهاية لابن كثير رحمه الله في ترجمة أمير المؤمنين علي بن أبي طالب رضي الله عنه أنه قال : « والمقصود أن عليا ، رضي الله عنه ، لما مات صلى عليه ابنه الحسن ، فكبر عليه تسع تكبيرات ، ودفن بدار الإمارة بالكوفة ؛ خوفا عليه من الخوارج أن ينبشوا عن جثته ، هذا هو المشهور ، ومن قال : إنه حمل على راحلته ، فذهبت به فلا يدري أين ذهبت . فقد أخطأ وتكلف ما لا علم له به ، ولا يسيغه عقل ولا شرع ، وما يعتقده كثير من جهلة الروافض من أن قبره بمشهد النجف فلا دليل على ذلك ولا أصل له ، ويقال : إنما ذاك قبر المغيرة بن شعبة حكاه الخطيب البغدادي عن أبي نعيم الحافظ ، عن أبي بكر الطلحي ، عن محمد بن عبد الله الحضرمي الحافظ ، هو مطين ، أنه قال : لو علمت الشيعة قبر هذا الذي يعظمونه بالنجف لرجموه بالحجارة ، هذا قبر المغيرة بن شعبة .
قال الواقدي : حدثني أبو بكر بن عبد الله بن أبي سبرة ، عن إسحاق بن عبد الله بن أبي فروة قال : سألت أبا جعفر محمد بن علي الباقر : كم كان سن علي يوم قتل ؟ قال : ثلاثا وستين سنة . قلت : أين دفن ؟ قال : دفن بالكوفة ليلا ، وقد غبى عنى دفنه . وفي رواية عن جعفر الصادق أنه كان عمره يوم قتل ثمانية وخمسين سنة . وقد قيل : إن عليا دفن قبلى المسجد الجامع من الكوفة. قاله الواقدي . والمشهور أنه بدار الإمارة . وقيل : بحائط جامع الكوفة. وقد حكى الخطيب البغدادي عن أبي نعيم الفضل بن دكين أن الحسن والحسين حولاه فنقلاه إلى المدينة فدفناه بالبقيع عند قبر زوجته فاطمة أمهما . وقيل إنهم لما حملوه على البعير ضل منهم ، فأخذته طيئ يظنونه مالا ، فلما رأوا أن الذي في الصندوق ميت ، ولم يعرفوا من هو دفنوا الصندوق بما فيه ، فلا يعلم أحد أين قبره . حكاه الخطيب أيضا . وروى الحافظ ابن عساكر ، عن الحسن بن علي قال : دفنت عليا في حجرة من دور آل جعدة .
وعن عبد الملك بن عمير قال : لما حفر خالد بن عبد الله أساس دار ابنه يزيد استخرجوا شيخا مدفونا أبيض الرأس واللحية ، كأنما دفن بالأمس ، فهم بإحراقه ، ثم صرفه الله عن ذلك إلى غيره ، فاستدعى بقباطى فلفه فيها ، وطيبه وتركه مكانه . قالوا : وذلك المكان بحذاء باب الوراقين مما يلي قبلة المسجد في بيت إسكاف ، وما يكاد يقر في ذلك الموضع أحد إلا انتقل منه . وعن جعفر بن محمد الصادق قال : صلى على علي ليلا ، ودفن بالكوفة ، وعمي موضع قبره ، ولكنه عند قصر الإمارة ».