قال السيد كاظم اليزدي في العروة الوثقى : القائلون بوحدة الوجود من الصوفية إذا التزموا بأحكام الإسلام فالأقوى عدم نجاستهم، إلا مع العلم بالتزامهم بلوازم مذهبهم من المفاسد .
قال السيد محمد باقر الصدر رحمه الله في شرحه على العروة الوثقى :لا شك في أن الاعتقاد بمرتبة من الثنائية التي توجب تعقل فكرة الخالق والمخلوق مقوم للإسلام، إذ بدون ذلك لا معنى لكلمة التوحيد. فالقول بوحدة الوجود إن كان بنحو يوجب عند القائل بها رفض تلك الثنائية فهو كفر، وأما إذا لم ير القائل تنافيا بين وحدة الوجود ومرتبة معقولة من الثنائية المذكورة فلا كفر في قوله، ولو فرض ثبوت التنافي واقعا. وتوضيح الحال في ذلك: أن مفهوم الوجود المنتزع من الخارج، تارة: يقال بأن منشأ انتزاعه نفس ما يقع موضوعا في القضية الحملية التي يكون مفهوم الوجود محمولا فيها، وهذا معناه القول بأصالة الماهية. وأخرى: يقال بأن منشأ انتزاعه حقيقة وراء ذلك، وتكون الماهية بدورها منتزعة عن تلك الحقيقة أيضا، وهي سنخ حقيقة لو أمكن تصورها مباشرة لكان ذلك مساوقا للتصديق بوجودها وطارديتها للعدم، وهذا قول بأصالة الوجود وعلى الأول لا إشكال في التكثر لتعدد الماهيات. وأما على الثاني فتارة:يقال إن نسبة مفهوم الوجود إلى تلك الحقيقة، نسبة الكلي إلى الفرد بنحو تتكثر الأفراد، أو نسبة العنوان إلى المعنون مع وحدته. فعلى الأول يكون مفهوم الوجود ذا مناشئ انتزاع متعددة بعدد أفراده. وعلى الثاني تثبت وحدة حقيقة الوجود. وعليه فتارة: يقال بأن هذه الحقيقة مختصة بالله تعالى، وأن موجودية غيره بالانتساب إليه لا بوجدانه للحقيقة نفسها، وهذا قول بوحدة الوجود وتعدد الموجد. وأخرى: يقال بأن تلك الحقيقة لا تختص بالواجب تعالى، بل كل الموجودات ذاقت طعمها، فهذا قول بوحدة الوجود والموجود. وعليه فتارة: يقال بفارق بين الخالق والمخلوق في صفع الوجود، نظير الفارق بين المعنى الاسمي والمعنى الحرفي في صقع الماهيات. وأخرى: يرفض هذا الفارق ويدعى أنه لا فرق بينهما إلا بالاعتبار واللحاظ، لأن الحقيقة إن لوحظت مطلقة كانت هي الواجب، وإن لوحظت مقيدة كانت هي الممكن. والاحتمال الأخير في تسلسل هذه التشقيقات هو الموجب للكفر، دون الاحتمالات السابقة لتحفظها على المرتبة اللازمة من الثنائية.
تعليق : لا يُقال أن السيد الصدر كان له موقف ايجابي من خميني مما يكشف إما على عدم اهتمام السيد بالخلاف أو أن خميني غير قائل بوحدة الوجود وان الخلافات اعتبارية .
لأنه يُقال : على الأوّل السيد فاقد لشرط العدالة لأنه نصر وأيّد كافر والسيد بعدالته لا يفعلها .
وعلى الثاني السيد لم يكن يعلم اعتقاده فلم يكن واضحاً -فعنوان وحدة الوجود كثيرا ما يخلط فيه بين الوحدة الشخصية التي توجب الكفر و الوحدية الشهودية التي لا- وكتب خميني اليوم منشورة , فلو عاش السيد ولم يقتله النظام الصدامي لكان افتى بكفر خميني علناً .
فيقول خميني في شرحه على الفصوص : هذا من الأسرار التي لا يمكن افشاء حقيقتها والتصريح بها فالعالم خيال في خيال ووهم في وهم ليس في الدار غيره ديار .

وهذا عين انكار الثنائية التي كفّر السيد محمد باقر انكارها و اعتقاد بالفروق الاعتبارية أي الخيال .